(Author) Melayani Ummat: Filantropi Islam dan Ideologi Kesejahteraan Kaum Modernis (Jakarta: Gramedia, 2010)
(Author) Nasr Hamid Abu Zaid dan Kritik Teks Keagamaan (Yogyakarta: Elsaqpress, 2003). ISBN 979-97421-5-3. [xv-179 pages including index]
(Editor), Islam dan Pengembangan Disiplin Ilmu (Yogyakarta: LPPI UMY, 2003). ISBN 979-97496-0-3 [vi-186 pages]
(Contributor) “Syafii Maarif dan Pengarusutamaan Islam Moderat di Indonesia” dalam Raja Ahmad Suwaedy dan Juli Antoni (eds.) Para Pembaharu: Pemikiran dan Gerakan Islam di Asia Tenggara (Jakarta and Bangkok: Seams for Freedom and Enlightenment & the Wahid Institute, 2009)
(Contributor), Hermeneutika Alquran Mazhab Yogya (Quranic Hermeneutics: “Yogya School”), Yogyakarta: Forstudia & Islamika, 2003).
Work in Progress
(Author) Heresiografi dan Hagiografi dalam Literatur Muslim: Sebuah Pengantar (forthcoming)
